实行局党委领导下的馆长负责制，下设四部一室：采编部、读者部、网络部、辅导部和办公室。

采编部——负责全馆所有入藏文献的采购、编目、加工，建立书目数据库。

读者部——为成人和少儿读者提供服务，包括书报刊的流通阅览、宣传辅导及参考咨询服务，儿童玩具图书馆(暂未开放)、少儿电子阅览室、自习室的管理等工作。

网络部——管理多媒体阅览区的网上阅览、数据库检索、电子音像资料的借阅，负责信息港工程建设，承担网页制作、更新和网络维护。

辅导部——负责业务辅导、学术研究、学会工作，开展各种读者活动和社会教育活动。

办公室——对全馆的业务和行政工作进行综合协调和管理。